In augustus 2022 ondertekende Joel Ordóñez een contract bij Club Brugge, dat de jonge Ecuadoriaan in eerste instantie onderbracht bij Club NXT. Hoewel hij ook de interesse wekte van clubs als AFC Ajax, PSV, Benfica en AC Milan, koos de verdediger voor Club Brugge.
Na zijn start bij Club NXT dwong hij al snel zijn plek af bij de eerste ploeg en werd hij een vaste waarde in de verdediging van FCB. Ordóñez heeft nog een contract tot 2029 bij de club.