Joaquin Seys was amper 7 jaar oud wanneer hij Oostende inruilde voor Blauw-Zwart en doorliep zo alle jeugdreeksen bij Club NXT.
Joaquin Seys is een jonge verdediger die in de zomer van 2022 van de U18 doorstroomde naar Club NXT. Daar ontpopte hij zich tot sterkhouder op de flank en dit zorgde in de zomer van 2024-2025 voor een definitieve overstap naar de A-kern.
Tijdens het seizoen 2024-2025 maakte Seys op opvallende wijze indruk. De linksachter speelde sterk in zijn eerste wedstrijden en bewees zich ook op de rechtsachterpositie. Het jeugdproduct viel daarnaast op met goede prestaties tijdens de Champions League-campagne.
In december 2024 verlengde hij zijn contract tot 2028.